Honda Vario 160 masih mengusung mesin generasi terbaru dengan kapasitas 160cc 4 katup enhanced Smart Power Plus (eSP+) berpendingin cairan yang mampu mengurangi gesekan. Sehingga, mesin terbaru ini dapat menghasilkan tenaga maksimal hingga 11,3 kW pada 8.500 rpm dengan torsi puncak 13,8 Nm pada 7.000 rpm.