Honda Vario 125  juga dilengkapi dengan fitur-fitur keselamatan yang canggih lainnya yaitu standar otomatis (Side Stand Switch) dimana mesin tidak dapat dinyalakan apabila posisi standar dalam kondisi turun. 

Brake Lock System mencegah motor loncat saat dinyalakan atau motor tetap dalam keadaan diam saat pengendara berhenti di jalanan menanjak. Ukuran bodi yang pas dengan ban yang besar mampu memberikan kemudahan bagi pengendara.

Jantung pacunya, mengusung mesin 125cc SOHC berpendingin cairan dengan sistem pengabutan injeksi PGM-Fi. Memiliki kompresi 10,6 banding satu, dengan tenaga maksimal 13,1 PS di 8.500 rpm, dan torsi 13,4 Nm di 5.000 rpm.

Fitur ISS (Idling Stop Sytem) pada Vario 125 tipe CBS-ISS diklaim membuat konsumsi bahan bakarnya menjadi irit, karena mesn akan mati otomatis saat berhenti di lampu merah, atau di tengah kemacetan.

Mesin akan kembali hidup, saat grip gas diputar. Menurut pabrikan, motor matik itu hanya meminum bensin satu liter untuk jarak tempuh 51,7 kilometer, dengan emisi gas buang standar Euro 3.