Fitur ISS pada tipe CBS-ISS menjadikan konsumsi BBM model ini teririt di kelasnya sebesar 51,7 km/liter (metode ECE R40) dengan hasil emisi gas buang yang lebih baik dari standar emisi EURO 3. ACG Starter yang terintergrasi pada teknologi eSP mampu menghidupkan mesin dengan suara yang lebih halus saat pertama dinyalakan. 

Teknologi ini menjadi dasar pengaplikasian fitur canggih Idling Stop System (ISS) yang secara otomatis mematikan mesin saat mesin berhenti bekerja lebih dari 3 detik dan hanya perlu menarik tuas gas untuk dapat menghidupkan mesin kembali. 

Honda Vario 125 memiliki kapasitas bagasi terbesar di kelasnya yaitu 18 liter yang dapat menyimpan helm standar untuk menunjang aktivitas sehari-hari. Dilengkapi fitur Answer Back System dan Anti Theft Alarm sebagai fitur keamanan kendaraan pada model ini. 

Sistem pengereman terasa nyaman dengan kehadiran teknologi Combi Brake System (CBS) untuk membantu menyeimbangkan pengereman roda belakang dan depan secara lebih optimal pada Honda Vario 125.

Honda Vario 125  juga dilengkapi dengan fitur-fitur keselamatan yang canggih lainnya yaitu standar otomatis (Side Stand Switch) dimana mesin tidak dapat dinyalakan apabila posisi standar dalam kondisi turun. 

Brake Lock System mencegah motor loncat saat dinyalakan atau motor tetap dalam keadaan diam saat pengendara berhenti di jalanan menanjak. Ukuran bodi yang pas dengan ban yang besar mampu memberikan kemudahan bagi pengendara.