Beralih ke mesin, Honda CRF250 Rally sudah menggunakan sistem mesin PGM-FI (Progammed Fuel Injection System) dengan 6 gigi kecepatan. Dengan sistem pendingin Liquid-Cooled, 4 Stroke, Single cylinder DOHC dengan volume 249,6 cc.

CRF250 Rally memiliki maximum power hingga 18,2 kW/8.500 rpm dan maximum torque diangka 22,6 Nm/6,750 rpm. Untuk harganya pun masih disekitaran Rp80 jutaan.