Perihal keamanan, Yaris Cross Hybrid benar-benar bisa diandalkan. Ada sistem safety sense yakni peringatan sebelum tabrakan dan pengereman sebelum tabrakan. Lalu sistem kamera dan radar terintegrasi yang membantu mengurangi risiko kecelakaan dan kerusakan pada tabrakan frontal.
Terdapat advance safety feature, 6 airbags, Anti lock braking system, brake assist, electronic brake force distribution, electronic stability program, hill hold control, kamera 360 derajat, rear parking camera, serta parking sensor. Selain itu ada juga electric parking brake with auto hold, emergency stop signal, hill start assist, vehicle stability control, rear cross traffic alert, blind sport monitor, hingga toyota safety sense.
Ketika melaju konstan (cruising), kedua motor penggerak tetap bersinergi menggerakkan roda depan. Bila tenaga dari motor listrik dirasakan berlebih, maka akan disalurkan untuk mengisi daya baterai hybrid.
Sesekali saat daya baterai hybrid sudah penuh dan kebutuhan tenaga di cruising speed tidak terlalu besar, sistem akan berpindah secara otomatis ke mode electric vehicle (EV) yang hanya mengandalkan tenaga dari motor listrik. Di sini kabin All-New Yaris Cross terasa begitu senyap dan menambah kenyamanan penumpang, bahkan dapat berbisik saat berbicara.
Posisi sebagai penumpang pun masih nyaman, dengan jarak cukup jauh dengan kursi depan. Proses pada THS secara real time via monitor 10.1 inch di tengah dashboard dengan grafis menarik dan mudah dipahami. Kita dapat mengetahui bagaimana sistemnya mengalirkan tenaga dari engine dan motor listrik. Termasuk ketika menyimpan tenaga listrik ke baterai hybrid dan mengalirkannya kembali ke motor listrik.
Adaptive Cruise Control (ACC) untuk menjaga jarak aman dengan kendaraan lain di depan saat menjelajah di jalan tol. Sistem ACC dapat membaca jika ada kendaraan lain masuk di antara mobil ini dengan kendaraan di depannya dan menyesuaikan kecepatan sesuai situasi yang berkembang. Dikombinasikan pula dengan Lane Keeping Control (LKC) yang dirancang untuk bekerjasama dengan ACC dalam membantu menjaga kendaraan supaya tetap berada di lajurnya.